獲得放線菌多樣性的途徑和方法

取樣和收集方法

從特定的生態(tài)系統(tǒng)中分離有代表性的放線菌種群，尤其是那些存在于獨特的生態(tài)環(huán)境中的放線菌種群，需要密切注意取樣。收集樣品可用無菌鏟、無菌土壤剖面取樣器、無菌鑷子、無菌解剖刀、無菌手套、無菌取樣袋和無菌塑料瓶，以盡可能保持樣品不受污染。所取樣品應該是取樣地的代表，可代表特定的土壤類型和底層、枯枝落葉（草薦)和腐質(zhì)、根圍水平面和地帶、海砂、沉積物和泥漿、植物表面和部位、水柱等。樣品應該貼有標簽，上面有詳細的描述和日期。由于真正的土著種群的出現(xiàn)時短暫的，如放線菌數(shù)目在大雨之后大為減少，所以在收集樣品時也要考慮季節(jié)性因素和暫時性因素。一旦樣品進入實驗室，應立即檢測或者4℃貯存過夜，樣品應該與倒平板、篩選和培養(yǎng)基收集的器具隔開，以降低螨蟲侵擾的概率。

生態(tài)生理學參數(shù)和培養(yǎng)基

需考慮的生態(tài)生理學參數(shù)包括溫度和PH值、離子強度、電勢和底物濃度。這些參數(shù)中大多數(shù)是野外或者實驗室測得的。下面所提到的放線菌的分離培養(yǎng)基經(jīng)過了修改以適應將被檢測的生態(tài)系統(tǒng)或棲息地。例如，在分離培養(yǎng)基中加入不同濃度的海水與河口的鹽梯度相匹配。降低PH值以適應森林中不同的土壤底層。對于嗜冷菌（4-15℃）應降低培養(yǎng)溫度，而對嗜熱菌（55-70℃）應提高培養(yǎng)溫度。初次分離可加入天然提取物（來自植物、巖石或者堆肥）作為生長因子（50-250ml/L).

放線菌是一種可非常高效地利用現(xiàn)存極低濃度的底物和復雜底物如幾丁質(zhì)等的微生物。因此大多數(shù)是在貧乏的或者簡單的復合培養(yǎng)基中分離到，而不是在營養(yǎng)豐富的生長培養(yǎng)基中。除了嗜熱菌和嗜冷菌外，其他放線菌菌落形成較慢，培養(yǎng)4-20天后在分離培養(yǎng)基上方可見到菌落。分離放線菌要選擇更有利于放線菌生長的分離培養(yǎng)基。精氨酸-甘油鹽、膠樣幾丁質(zhì)、GAC、M3、淀粉-酪蛋白和水瓊脂等培養(yǎng)基非常適合分離大多數(shù)放線菌。通常在分離培養(yǎng)基中加入抗真菌物質(zhì)制霉菌素和放線菌酮以抑制真菌生長。為提高放線菌特定屬的數(shù)目，可能還要加入其它抗生素。分離瓊脂平板風干3天，以盡可能減少細菌生長。

從突然重非選擇性分離放線菌

標準的稀釋涂平板技術(shù)可用于從土壤中分離放線菌。根據(jù)經(jīng)驗，用干土可以提高分離所得放線菌的數(shù)目和種類。為減少細菌種群，所有的沉積物、泥漿和圖樣均置于無菌的玻璃平板室溫下風干3-10天（取決于空氣濕度）。然后將風干樣品用無菌碾棒輕輕碾成粉末壓印至放線菌分離平板，即用一塊圓形的小海綿，直徑為16mm，直接壓印完后平板倒置于培養(yǎng)箱中培養(yǎng)。嗜冷菌在4-15℃培養(yǎng)可得單菌落；嗜溫菌在22-35℃培養(yǎng)可得單菌落；嗜熱菌在55℃和更高的溫度下培養(yǎng)可得單菌落。在平板中貼上水飽和的濾紙片以防止瓊脂平板在高溫時變干。

從土壤總選擇分離放線菌

對圖樣進行預處理以提高分離多的放線菌的數(shù)量或者更有利于特定屬生長的方法有很多種。表3-1總結(jié)了一些有助于分離工液用放線菌的更切實可行的圖樣預處理法。圖樣預處理法和合適的選擇性培養(yǎng)基兩者相結(jié)合對于高效地分離特定屬放線菌而言是很有必要的。

原創(chuàng)作者：青島捷世康生物科技有限公司